初代（1990年 - 1999年）
  　　　　　

　　　　　　　2代目（2000年 - 2005年）

　　　　　　

　　　　　　　3代目（2006年 - ）
　　　　　　

2005年の東京モーターショーにてコンセプトモデルが発表され、市販仕様はこのコンセプトモデルに準じたデザインで2006年1月16日より市販された（追ってオセアニア向け（現地名：タラゴ）やアジア向け（現地名：プレビア）も発売されたが、欧州向けは今回からなくなっている）。
先代のような販売店による区別^[3]がなくなり、車名が「エスティマ」に統一されたが、車両型式の末尾に付される車種グレードごとの細分記号は販売店で異なる。
エクステリアデザインは2代目の正常進化型だが、ヘッドランプは涙目風のデザインを採用し、より精悍な印象となった。また、三角窓を継続して採用したほか、全てのピラーをブラックアウトし、ルーフが浮いているようなイメージの「フローティングルーフ」となっている。また、2代目はウィンカーにサイドマーカーを採用していたが、3代目ではそれがなくなり、代わりにサイドターンランプが付いたミラーが標準装備となった。
インテリアデザインはセンターメーターこそ継承したものの、2代目とは打って変わって、直線基調で広がり感のあるデザインとなっている。 また、シーケンシャルシフトマチックも搭載された。

新開発の2GR-FE型3456cc・V6DOHCの280psと国産ミニバン初の280ps達成^[4]。 また、2362cc・直4はモデルチェンジを機に170ps・22.8kgmとパワーアップした。ハイブリッドでは燃費は20km/lに向上した。

プラットフォームは、フロントがRAV4などに採用の新MCプラットフォームを使用し、リアは専用設計である。なお、このプラットフォームは2代目アルファード/初代ヴェルファイアと共通である。

シートタイプはこれまで通り7人乗りと8人乗りが設定されるが、3列目シートは2代目のチップアップ式とは異なり、床下収納式となっている。また、7人乗りならスーパーリラックスモードが使える。それは3列目のシートを収納した状態で2列目のシートを最後尾までスライドさせれば、まるでリムジンのような広大なスペースが生まれるシートアレンジ。一方の8人乗りには2列目シートにチップアップ機能を備え、床下に収納できる3列目シートを活用して広大な積載スペースを確保することができる。

トランスミッションは3.5リッターV6車がシーケンシャルシフト機能付き6AT、2.4リッター直4車が7速シーケンシャルシフト機能付きSuper CVT-iが採用される。シフトレバーは1・2代目ではコラムシフトとなっていたが、3代目からはゲートタイプのインパネシフトとした。

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