2004年8月23日、現行型へ15年ぶりにフルモデルチェンジ(ワゴンのスーパーカスタム系はアルファードに統合)。ボディは、整理され、標準尺は廃止された。100系の全幅は全て小型車枠(4/5ナンバー)の1.7m未満だったが、200系の全長4.7m以上のものは全て全幅が1880mmのワイドボディ車(100系比190mmの拡大)となり、居住性が向上した。これにより、小型車はバンのみ(4ナンバー)となった。トレッドが広がり、ロール抗性や小回り性の面でもプラスとなっているが、大幅な拡幅に取り回しや駐車場の確保に不安を持つ声もある。ワイドボディ・ミドルルーフ車は標準ボディ車ロング比でフロントクラッシャブルゾーンが150mm拡大され、全長が4840mmとなっているが、車内長は標準ボディ車と同じである。 シフトレバーは先代ではフロア配置でウォークスルーが出来なかったが、現行型は全車インパネシフトとなり、ウォークスルーに配慮されている。基本は4速ATだが、バンロングDXに限り5速MTも選べる。また、ウォークスルーや乗降性との兼ね合いで先代で廃止されていたステッキ式パーキングブレーキが復活した。また、ワゴンはハイエースのエンブレムが廃止され、1993年のマイナーチェンジ以来となる当時より大きいトヨタのCIマークになった。
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