初のフルモデルチェンジ。パレットや4代目ワゴンRのプラットフォームを採用。ホイールベースが拡大されたことで、居住性と開放感を高めた。
デザインは初代のキープコンセプトだが、初代よりレトロっぽさを弱めた、モダン指向のデザインとなった。また、フロントグリルやリアドア、ヘッドライト、リアランプハウス、オプションのカーペットなど車内の各所にうさぎをモチーフとしたキャラクターを描いているほか、うさぎキャラクターのアニメーションやメッセージを表示するメーター内のマルチインフォメーションディスプレイ、インナードアハンドル部分に写真や画像を飾れるフォトフレームを設け、さらにオプションでラパンのロゴ入りキーケースや洗車セット、タンブラー、ポロシャツ、傘、紫外線除け手袋なども販売するなど、従来のクルマにはないエンターテイメント性を付加した商品訴求を行なっている。なお、内外装のデザインのとりまとめを行なったチーフデザイナーは、同社の結城康和。2008-2009グッドデザイン賞を受賞している。
また、エンジンの改良とCVTを新たに搭載したことで、排出ガスのクリーン化と更なる低燃費を実現した。自然吸気エンジンを搭載する「G」と「X」は「平成17年度排出ガス基準75%低減レベル（☆☆☆☆）」認定を取得すると共に、CVT車（2WD車・4WD車共）は「平成22年度燃費基準+25%」を、2WD・4AT車は「平成22年度燃費基準+15%」を達成しており、環境対応車普及促進税制に適合し、4WD・4AT車を除き「平成27年度燃費基準」もクリアした。また、ターボエンジンを搭載する「T」についても、「平成17年度排出ガス基準50%低減レベル（☆☆☆）」認定と「平成22年度燃費基準+20%（4WD車は+15%）」を達成している。
グレード体系は「G」・「X」・「T」・「T Lパッケージ^[9]」の4グレードとなり、スポーツモデルの「SS」が廃止された。ボディカラーも「アロマティックアクアメタリック」と「チェリーピンクパールメタリック」の新色を加えた10色展開、インテリアカラーはボディカラーやグレードにより3種類が用意されている。また「X」には初代モデルにもラインナップされていた「ホワイト2トーンルーフ仕様」が設定された。さらに、携帯リモコンを身につけることで、ドアの施錠・解除、エンジンの始動・停止をワンタッチで操作できるキーレスプッシュスタートシステムとイモビライザーを全グレードに標準装備。また、ターボ車に関しては、初代のターボ車に標準装備されていたフロントベンチレーテッドディスクブレーキが、製造コストの削減を理由に4代目ワゴンR同様、NA車と同じフロントソリッドディスクブレーキにグレードダウンしている。なお、この2代目モデルはマツダへのOEM供給はされず、「スピアーノ」は初代モデルで廃止となった。